Факултетот за земјоделски науки и храна е основан во есента 1947 година, под името Земјоделски факултет, како посебен отсек на Земјоделско-шумарскиот факултет во Скопје, само една година подоцна од основањето на Филозофскиот факултет. Со основањето на Земјоделско-шумарскиот факултет, Медицинскиот факултет и веќе основаниот Филозофски факултет, се обезбедија услови за формирање на Универзитетот Св. Кирил и Методиј во Скопје.

Земјоделско-шумарскиот факултет во Скопје, по основањето и започнувањето со работа, перманентно се организира, доизградува и усовршува како комплетна наставно-научна установа. Во досегашниот период на работа и развој, минува низ повеќе организациски и развојни фази. Промените и трансформациите, развитокот и работата се должат на потребите за усогласување на наставно-образовниот процес, научно-истражувачката работа, примената на сопствените и странските научни сознанија во земјоделството, што е поврзано со политичките и општествено-економските односи во општественото уредување.

Во 1975 година, Земјоделско-шумарскиот факултет се дели на два самостојни факултета: Земјоделски и Шумарски, како одделни работни организации. Ова осамостојување доаѓа како резултат на достигнатиот висок степен на развој во сите дејности на двата дотогашни оддела, земјоделскиот и шумарскиот.
Од 1977 до 1989 година, Земјоделскиот факултет функционира како Работна организација во која беа интегрирани Земјоделскиот факултет, Земјоделскиот институт, Институтот за сточарство и ветеринарство, Заводот за овоштарство, Заводот за лозарство и Факултетското земјоделско стопанство Трубарево. Во рамките на оваа Работна организација, функционираа осум правни лица:

•  Институт за поледелство и градинарство;
•  Институт за овоштарство;
•  Институт за лозарство и винарство;
•  Институт за сточарство;
•  Институт за проучување на почвите;
•  Институт за заштита на растенијата;
•  Институт за економика и организација во земјоделството и Факултетско земјоделско стопанство.

Како резултат на сложената организациска поставеност, од почетокот на 1990 година, Земјоделскиот факултет работи како самостојна работна организација со три основни дејности: образовна, научно-истражувачка и апликативна.
Првата диплома на додипломските студии е издадена на 30. XII 1949 година, првата магистерска тема е одбранета на 24. XI 1971 година, а првата докторска дисертација е одбранета на 28. V 1959 година.
Од 1990 година, покрај постојните три насоки: поледелска (со градинарско-цвеќарска група), лозаро-овоштарска и сточарска, отворена е и општа насока.
Во периодот од 1992 до 1994 година, во рамките на Земјоделскиот факултет, како посебна насока, функционираше и ветеринарната насока, која натаму се оформи во самостоен Ветеринарен факултет.
Во 1997 година на Факултетот се оформи нова насока – Земјоделска техника. Со цел да се следат потребите на пазарот од стручна работна сила и интересите на студентите, од 2001 година Факултетот ја организира наставата на 10 насоки:

• Поледелска насока;
• Градинарско-цвеќарска насока;
• Лозаро-овоштарска насока;
• Сточарска насока;
• Насока за земјоделска техника;
• Агроекономска насока;
• Насока за заштита на растенијата;
• Насока за искористување, уредување и заштита на почвите и водите;
• Насока за еко-земјоделство и
• Насока за преработка на земјоделски производи.

Со овие измени се обезбеди потребен број нови стручни профили неопходни за ангажирање во малите и големите производни капацитети.
Во истата 2001 година, Факултетот се вброи меѓу првите 4 факултети при Универзитетот Св. Кирил и Методиј, кои го воведоа кредит трансфер системот во наставниот процес.
Во февруари 2004 година, Земјоделскиот факултет го промени името во Факултет за земјоделски науки и храна.

Од 2005 година Факултетот за земјоделски науки и храна организира дисперзирана настава на градинарско-цвеќарската насока во Струмица.

Денес на Факултетот за земјоделски науки и храна се организираат редовни додипломски, последипломски и докторски студии. До 25. X 2006 година, на Факултетот дипломирале:

• 6237 студенти на додипломски студии;
• 111 студенти на специјалистички студии;
• 317 студенти на магистерски студии;
• 191 студент на докторски студии.